בתוך ההירארכיה של ארגון הסיינטולוגיה ישנה רשת של משרדי קישור סיינטולוגיים (CLOs) שאחראיים על תיאום פעילויות של סיינטולוגיה ברמות איזוריות ומקומיות. משרדים אלה תומכים בפעולות של ארגונים מקומיים באיזורם, וכן משמשים כנקודת תיאום ומפגש עבור כל פעילויות הסיינטולוגיה הקשורות עם אותם ארגונים מקומיים. הם אף מבטיחים את רווחת הארגונים והקבוצות הללו. בדרך זאת, הפעילויות של המרכזים, הארגונים, האודיטורים בשדה ושאר הקבוצות הקשורות לפעילות משתלבות זאת בזו ומביאות בסופו של דבר להתקדמות רוחנית עבור כל הסיינטולוגים באיזור היבשת שלהם.
משרדי קישור הנהלה נמצאים בטורונטו עבור קנדה, קופנהגן עבור אירופה, ניו-יורק עבור מזרח ארה"ב, לוס-אנג'לס עבור מערב ארה"ב, סידני עבור אוסטרליה, ניו-זילנד ויפן, מקסיקו סיטי עבור אמריקה הלטינית, יוהנסבורג לדרום אפריקה ואחוזת סיינט-היל בסאסקס, אנגליה, עבור בריטניה.